《思维覆写》围绕拥有特殊能力“重写”的一群人展开。主角西条拓巳、井之上隆、神代凛音等都是“重写人”，他们能进入他人的记忆并进行修改。拓巳和隆受雇于组织，执行各种任务。在一次任务中，他们遇到了神秘的神代凛音，凛音似乎知晓关于“重写”能力的更多秘密。随着故事推进，他们逐渐发现组织背后隐藏着不可告人的阴谋，组织利用“重写”能力操控他人记忆以达成自己的目的。拓巳等人开始反抗组织，在这个过程中，他们不仅要面对组织的追杀，还要解开“重写”能力的起源之谜。他们在一次次的冒险和战斗中，不断成长，也逐渐看清了人性的复杂和真相的残酷。