《太祖秘史》以努尔哈赤为主角，展现了他跌宕起伏的一生。努尔哈赤少年时，祖父和父亲被明朝总兵李成梁所杀，他从此踏上复仇之路。在这个过程中，他结识了东哥，两人相爱却因部落纷争和权力斗争无法在一起。东哥成为政治筹码，多次被许配他人，这也引发了努尔哈赤与其他部落的诸多矛盾。 努尔哈赤一边要应对外部部落的威胁，一边要平衡内部权力关系。他凭借着卓越的军事才能和领导智慧，逐步统一女真各部。他先后娶了孟古、阿巴亥等女子，这些女子在他的生命中扮演着不同的角色，有的给予他支持，有的则带来了麻烦。最终，努尔哈赤建立后金，成为一代枭雄，但他的情感世界却充满了遗憾和无奈。