《汤摇庄的幽奈同学》围绕着主人公铃木真一展开。真一因家庭原因，住进了汤摇庄这所传闻闹鬼的公寓。在这里，他结识了各种奇特的房客，其中就包括幽灵少女幽奈。幽奈生前是个不良少女，死后一直留在汤摇庄。真一能看见幽奈，两人的生活就此交织在一起。 公寓里还有其他性格各异的女孩，像吸血鬼少女绫女、狼人少女胡桃等。他们在汤摇庄共同经历了一系列搞笑又温馨的故事。真一在与她们的相处中，逐渐揭开了汤摇庄背后隐藏的秘密，也和大家建立了深厚的感情。在这个充满奇幻色彩的公寓里，真一的生活变得丰富多彩，各种意想不到的趣事接连上演。