《天华百剑 ～欢迎来到铭治馆!～》的故事围绕着铭治馆女子学院展开。在这里，少女们与刀剑相伴，她们化身为刀剑的拟人形象，拥有独特的能力和性格。主角们在学院中开启了充满挑战与欢乐的校园生活。她们不仅要进行日常的学习，还要参与各种训练和战斗。在一次重要的校内比赛中，各宿舍的少女们纷纷展现出自己的实力，为了荣誉而战。在这个过程中，少女们之间的友情不断加深，也逐渐发现了隐藏在学院背后的神秘力量。她们在相互扶持中成长，共同面对未知的危险，努力守护着学院和彼此。