《天使的心跳》故事围绕着少年音无结弦展开，他在死后的世界醒来，发现自己身处一个校园环境中。这里存在着一个名为“死后世界战线”的组织，由仲村由理领导，他们与被称为“天使”的少女立华奏展开战斗。“死后世界战线”认为立华奏是规则的维护者，代表着不合理的秩序，所以不断与之对抗。音无结弦起初加入了战线，在一次次战斗和相处中，他逐渐了解到立华奏并非他们所认为的那样。随着故事推进，音无结弦发现这个死后世界的真相，原来每个人都带着生前的遗憾来到这里，而他们要做的是直面自己的遗憾并释怀，才能真正离去。在这个过程中，音无结弦与伙伴们经历了欢笑与泪水，最终大家都找到了属于自己的归宿。