《突击莉莉》的故事发生在被称为“荒神”的异形生物肆虐的世界。人类为了对抗荒神，培养出了拥有特殊能力的少女们，她们被称作“莉莉”。主人公柳濑凑来到了阿斯特拉尔学院，在这里结识了性格各异的伙伴，如开朗活泼的御子柴胡桃。学院里的莉莉们会进行各种训练，以提升对抗荒神的能力。她们不仅要面对荒神的威胁，还要处理彼此之间的关系和矛盾。在一次次与荒神的战斗中，莉莉们不断成长，她们凭借着勇气和团队协作，一次次化解危机。同时，故事中也穿插着少女们的青春日常，有欢笑、有泪水，展现出了她们在残酷战斗背后的温暖与坚韧。