《我的白鲸男友第二季》延续第一季的奇幻浪漫故事。女主依旧在人类世界与拥有白鲸之力的男主展开一段跨越物种的爱恋。本季中，他们的感情面临更多挑战。男主的白鲸身份被更多人知晓，引来了神秘组织的觊觎，组织妄图捕获男主，利用他的力量达成不可告人的目的。女主为保护男主，与他一同踏上逃亡之路。在这过程中，他们结识了新的伙伴，这些伙伴有的善良正义，帮助他们躲避危险；有的心怀鬼胎，企图出卖他们。同时，女主也逐渐发现自己身上隐藏着与男主身世相关的秘密，而这个秘密或许是解开所有危机的关键。随着剧情推进，男女主能否冲破重重阻碍，守护住彼此的爱情，又能否化解来自神秘组织的威胁，成为本季的看点所在。