《X档案第二季》延续第一季风格，继续围绕联邦调查局探员福克斯·穆德和达娜·斯嘉丽展开。穆德因相信超自然现象，执着于调查各类神秘案件，斯嘉丽则作为科学理性代表被派来监督他。本季案件依旧离奇多样，有外星生物相关事件，如外星婴儿的神秘诞生，引发对人类与外星生命关系的思考；也有涉及灵异现象的案件，像闹鬼医院中病人莫名死亡，充满惊悚氛围。在调查过程中，穆德和斯嘉丽的关系逐渐变化，从最初的相互怀疑到彼此信任、默契配合。同时，他们也不断受到来自上级的压力和神秘势力的阻挠，但始终坚守探寻真相的信念。