《武装少女马基雅维利主义》的故事发生在私立才贺学园，这所学校由女生主导，实行着“绝对服从制度”。男主角纳村不道因被诬陷犯下伤害罪，而被强制送入这所学校。在这里，女生们都配备着名为“武装少女”的武器，以剑术进行战斗。 纳村不道刚入学就遭到了学生会长丛雨冴子的挑战，她认为纳村不道是个危险人物。此后，纳村不道不断与学校里的“八人众”展开战斗，在这个过程中，他结识了如月琴乃、鬼瓦轮等性格各异的女生。随着战斗的深入，纳村不道逐渐了解到学校背后隐藏的秘密，也与这些女生们建立了深厚的情谊。他们一起面对各种困难和挑战，共同探寻真相，在充满热血与激情的校园生活中不断成长。