《X档案第九季》延续了前作的神秘风格，穆德离开后，道吉特和摩娜接手调查X档案。在这一季中，他们遭遇了各种离奇事件。比如在“恶念”一集中，一个小镇上出现了能致人死亡的恶念能量，受害者接连出现神秘死亡，道吉特和摩娜深入调查，发现背后隐藏着一个被压抑的秘密团体，他们的恶念通过特殊方式释放出来。还有“命运”一集，涉及到时间旅行和命运轮回，一个男人不断重复同一天，每次死亡后又回到当天，道吉特和摩娜要解开这个时间谜团。此外，本季还围绕外星阴谋继续展开，他们逐渐揭开外星势力在地球上更深层次的布局，与外星相关的线索不断浮现，让观众始终保持着紧张和好奇，跟随主角们一同探索未知的神秘世界。