《小女神花铃》围绕着小学六年级学生花园花铃展开。花铃自幼父母双亡，与叔母一家共同生活，常遭受叔母和堂妹的欺负。某一天，花铃在学校的旧校舍里遇到了一只神秘的猫，它自称是神，并赋予花铃一枚魔法戒指。从此，花铃成为了“神的代理人”，要负责解决各种与神明相关的事务。 在执行任务的过程中，花铃结识了和她一样拥有特殊能力的九条和音与姬香。和音外表冷酷，但内心善良，他帮助花铃逐渐掌握魔法能力。随着故事发展，花铃发现自己的身世与神之间有着千丝万缕的联系，她的使命也变得越发重要。在不断成长的过程中，花铃不仅学会了运用魔法，还收获了珍贵的友情与爱情，勇敢地面对各种挑战，守护着自己珍视的一切。