《心理测量者第三季》的故事设定在西比拉系统持续运行的未来世界。常守朱离开后，新的公安局刑事课一系成员登场。执行官宜野座伸元回归，与新的监视官霜月美佳搭档。他们面临着一系列复杂案件，其中涉及到神秘的反西比拉组织“朝圣者”。“朝圣者”不断制造混乱，试图颠覆现有的社会秩序。在调查过程中，一系成员发现西比拉系统并非完美无缺，其背后隐藏着不为人知的秘密。随着剧情推进，各方矛盾不断激化，成员们在坚守正义与探寻真相的道路上艰难前行，他们不仅要对抗外部敌人，还要应对西比拉系统带来的种种限制和挑战。