《妖怪旅馆营业中》围绕女大学生佐伯葵展开。佐伯葵的爷爷是妖怪旅馆的老板，爷爷去世后，葵突然被卷入妖怪的世界，还被告知要继承旅馆。起初葵对妖怪世界充满陌生与恐惧，但为了完成爷爷的遗愿，她开始努力学习经营旅馆。在这个过程中，葵结识了各种性格迥异的妖怪，像傲娇的狐妖、温柔的雪女等。他们有的帮助葵解决旅馆经营难题，有的则会制造一些小麻烦。葵在与妖怪们的相处中逐渐成长，不仅让旅馆的生意越来越好，也在妖怪世界中找到了自己的归属，收获了珍贵的友情。