《妖精种植手册》围绕少年霍真展开。在这个妖精与人类共存的世界，霍真自幼被妖精养大，拥有特殊能力。他来到妖精种植园工作，结识了性格各异的妖精们，像傲娇的洛璃、单纯的妮雅等。种植园面临着各种危机，有外部邪恶势力觊觎妖精的力量，企图抢夺并利用它们作恶；内部也存在管理问题和妖精之间的矛盾。霍真凭借善良和智慧，一次次化解危机，与妖精们建立了深厚的情感。在不断的冒险中，他逐渐揭开自己身世的秘密，原来他的身世与妖精世界的重大秘密息息相关，而他也肩负起了守护妖精和人类和平共处的使命。