《战斗女子学园》以私立凤林学园为故事舞台，这所学园表面上是普通女子学校，实则是培养战斗少女的特殊场所。主角神无月葵原本是平凡少女，因姐姐神无月华的缘故转入这所学园。在学园里，葵结识了性格各异的伙伴，如傲娇的九条可怜、温柔的三峰结衣等。她们一边要应对学园里的日常课程，一边要接受战斗训练，以对抗来自学园外部的邪恶势力。在一次次战斗中，葵逐渐成长，和伙伴们的情谊也愈发深厚。她们共同面对各种挑战，解开学园背后隐藏的秘密，在这个过程中，少女们不断突破自我，绽放出属于自己的光芒。