《莎木》以少年芭月凉为主角展开故事。芭月凉的父亲芭月谦信被暴力组织“蓝帝”的首领芦屋龙二杀害，为了给父亲报仇，他踏上了充满未知与挑战的旅程。故事发生在充满烟火气的神户港，凉在这里调查父亲死亡的真相，与形形色色的人相遇。他会和港口的商贩交流，了解各种线索，也会遭遇蓝帝组织的阻挠。随着调查深入，凉发现背后隐藏着一个巨大的阴谋。之后他更是远渡重洋前往中国，在新的环境中继续追寻真相，不断提升自己的实力，一步步接近仇人芦屋龙二。整个故事充满了冒险、悬疑与成长元素，展现了凉坚韧不拔的复仇之路。