《赤道》围绕价值不菲且威力巨大的武器“超级核弹”展开。国际头号通缉犯“赤道”（张震 饰）现身韩国，抢走了该核弹并扬言要在香港交易。香港反恐特勤组主管李彦明（张家辉 饰）与助手范家明（余文乐 饰）负责调查此案。同时，内地核武器专家宋鞍（王学圻 饰）和助手袁晓文（文咏珊 饰）也前来协助。交易现场危机四伏，警方布下天罗地网，却被“赤道”巧妙逃脱。此后各方势力围绕核弹展开激烈角逐，警方内部似乎也有“赤道”的内应。在一次次交锋中，真相逐渐浮出水面，各方为了阻止核弹造成巨大灾难，展开了一场惊心动魄的生死较量。