明朝崇祯 15 年，全国瘟疫横行，十户九死。李自成攻打开封，崇祯皇帝将孙传庭从狱中释放，命其领精兵出征。孙传庭在潼关碰到了江湖游医吴又可，他是唯一能治疗瘟疫的人。孙传庭军队中瘟疫横行，吴又可临危受命，开始救治士兵。然而，军中缺医少药，吴又可的治疗方法也与传统观念冲突，救治工作困难重重。与此同时，孙传庭既要应对李自成的进攻，又要面对朝廷的猜忌和催战。在战事与瘟疫的双重压力下，孙传庭最终兵败潼关。而吴又可在经历了这一切后，决定著书立说，将自己的医学理念传承下去。