《巫山云雨》故事围绕着三峡边的小镇展开。麦强是一名警察，他负责看守江上的航标船。麦强的生活单调乏味，直到他结识了旅社服务员陈青。陈青的丈夫长期在外跑船，她独自在小镇生活，内心寂寞。麦强和陈青在相处中逐渐产生了微妙的情感。麦强会在闲暇时去找陈青，两人有了一些简单却温暖的交流。与此同时，麦强的同事小马也有着自己的情感纠葛，他与一个发廊女有着复杂的关系。影片通过细腻的镜头，展现了这些小人物在三峡特殊环境下的情感世界和生活状态，平淡中蕴含着生活的真实与无奈。