《国宝疑云》故事发生在民国时期，围绕着珍贵的佛头展开。警察局探长周若鸿和留学归来的考古学家吕良，在调查佛头失窃案的过程中，结识了神秘的日本女子宫本慧子。随着调查深入，他们发现这起失窃案背后隐藏着巨大阴谋，各方势力为了得到佛头不择手段。周若鸿和吕良一边要与心怀不轨的日本人斗智斗勇，一边还要应对国内妄图出卖国宝的内奸。在重重困难和危险面前，他们凭借着智慧和勇气，逐渐揭开了真相，最终成功保护佛头不被流失海外，捍卫了国家的尊严和文化遗产。