《我是你爸爸》围绕马林生和儿子马锐展开。马林生是个普通男人，离婚后独自抚养儿子。他一心想做个好父亲，用自己的方式教育马锐。一次，马锐在学校和同学打架，马林生被老师叫到学校。回家后，他本想好好教导儿子，可马锐却满不在乎，父子俩起了争执。马林生试图以朋友的身份和马锐交流，却总是不得要领。马锐进入青春期后，有了自己的想法和秘密，开始对父亲的管教产生抵触。马林生看着儿子渐行渐远，内心焦急又无奈。在一系列的冲突与和解中，父子俩逐渐理解了彼此。