《马达加斯加》以纽约中央公园的动物园为起点，主角是狮子亚历克斯、斑马马蒂、长颈鹿梅尔曼和河马格洛丽亚这四个好朋友。马蒂厌倦了动物园的生活，一心想去野外看看真正的大自然。在他生日那天，他瞒着伙伴们，跟着一群企鹅逃了出去。亚历克斯、梅尔曼和格洛丽亚为了找回马蒂，也踏上了追寻之路，却意外被装上了运往非洲的轮船。轮船在途中遭遇风暴，他们流落到了马达加斯加岛。在这座岛上，他们结识了狐猴国王朱利安、搞怪的小毛等新伙伴。他们一边努力适应岛上的生活，一边也闹出了不少笑话。同时，他们也在岛上经历了各种冒险，比如躲避岛上的危险生物等。最终，他们在这座充满未知的岛上找到了属于自己的快乐和归属感。