《清宫秘史》以晚清宫廷为背景，展现了诸多鲜为人知的历史故事。影片中，光绪皇帝力图变法图强，启用康有为、梁启超等维新派人士进行戊戌变法，期望通过改革让国家走向富强。然而，这一行动触动了以慈禧太后为首的守旧派利益。慈禧太后发动政变，将光绪帝囚禁于瀛台，戊戌六君子惨遭杀害，变法最终失败。同时，影片也刻画了珍妃这一人物，她支持光绪变法，却因此遭到慈禧太后的嫉恨，最终被投入井中。此外，还涉及到八国联军侵华等重大历史事件，揭示了晚清宫廷内部的权力斗争、腐败以及国家在列强侵略下的艰难处境。