《祈祷落幕时》围绕着两起案件展开。加贺恭一郎在调查女性押谷道子被害案时，发现现场有一本写着十二座桥名的日历。随着调查深入，他发现押谷道子此行是为见昔日同学浅居博美。浅居博美是知名舞台剧导演，她的父亲浅居忠雄曾被警方列为嫌疑人。加贺在调查中还发现自己失踪多年的母亲曾与浅居忠雄有交集。原来，多年前浅居博美为保护父亲，失手杀死了骚扰她的老师。忠雄为让博美开启新生活，与流浪汉互换身份，隐姓埋名生活，而博美为守护父亲的秘密，也犯下了更多罪行。当一切真相即将揭开，忠雄选择在火焰中结束自己的生命，博美也在真相大白后自首。影片在亲情与法理的冲突中，展现出人性的复杂与无奈。