《甲贺忍法帖》的故事围绕着伊贺与甲贺两派忍者的恩怨情仇展开。德川家康为了决定继承人，以两派各派出十名忍者互相厮杀，存活一方支持的继承人将成为德川家的下任家主。甲贺的头领甲贺弹正与伊贺的头领伊贺胧本是青梅竹马，但因两派宿怨和这场残酷的争斗，他们不得不让各自的手下投入战斗。 甲贺一方有擅长使用毒雾的萤火、能操纵傀儡的弦之介等；伊贺一方则有拥有透视眼的朱绢、能控制风向的才藏等。在这场血腥的战斗中，忍者们纷纷使出看家本领，死伤不断。随着战斗的推进，甲贺弹正和伊贺胧也陷入痛苦与挣扎，他们既不想看到手下死去，又无法违背命令。最终，这场忍界的悲剧以无数忍者的死亡和两人的诀别落幕，展现了命运的残酷和无奈。