《念念手纪》围绕着少年恭平与少女茉莉展开。恭平是个有点迷糊的男孩，茉莉则是开朗可爱的女孩，两人在校园里相识相恋。然而，茉莉被查出患有罕见病，生命即将走向尽头。但她没有被病魔打倒，而是用一本笔记本记录下生活的点滴、对恭平的爱以及未来的期许，这本笔记就是“念念手纪”。随着病情恶化，茉莉逐渐失去记忆，恭平始终陪伴在她身边。他努力唤起茉莉的回忆，也从笔记中感受到茉莉深沉的爱意。最终茉莉还是离开了，但她留下的手纪成为恭平继续生活的力量，让他带着这份爱勇敢前行。