《新少林五祖》故事发生在清朝康熙年间，少林俗家弟子洪熙官遭同门马宁儿陷害，一家惨遭灭门，仅留下幼子洪文定。洪熙官身负血海深仇，在少林苦练武功准备复仇。一次偶然机会，洪文定结识了红豆母女，三人一同踏上寻找洪熙官的旅程。与此同时，天地会为反清复明，计划抢夺带有宝藏线索的藏宝图。洪熙官和洪文定父子重逢后，加入到这场争夺中。在与马宁儿及朝廷鹰犬的多次交锋里，洪熙官凭借高强武艺和智慧化险为夷。最终，洪熙官、洪文定父子联合天地会众人，与马宁儿展开生死决战，成功击败恶敌，守护了正义与宝藏，也为家人报了仇。