《乌鼠机密档案》围绕着黑帮与警方展开故事。乌鼠是黑帮成员，他为人重义气但身处复杂的黑道环境。警方为了打击黑帮势力，安排了卧底潜入其中。在黑帮内部，权力斗争不断，各方势力为了利益明争暗斗。乌鼠在这个过程中逐渐发现身边似乎隐藏着警方的卧底，而卧底也在小心翼翼地收集着黑帮犯罪的证据。随着时间推移，双方的矛盾逐渐激化，一场激烈的冲突即将爆发。在这场正邪对抗中，乌鼠面临着友情、忠诚与生存的艰难抉择，而卧底则要在危险的环境中完成任务，最终双方的命运在这场惊心动魄的较量中走向未知。