《非常小特务》讲述了天才特工夫妻吉米和卡门隐退后生下了两个孩子，分别是男孩朱尼和女孩卡门。原本平静的生活被打破，当父母离奇失踪后，朱尼和卡门临危受命，踏上特工之旅。他们凭借着聪明才智和勇敢无畏，进入了一个充满奇幻与危险的特工世界。在执行任务过程中，他们遭遇了各种稀奇古怪的发明和机关陷阱，比如能变形的汽车、会说话的玩具等。朱尼和卡门相互配合，不断化解危机，还结识了一些志同道合的伙伴。他们不仅要拯救父母，还要阻止邪恶势力的阴谋，最终成功完成任务，一家人也重新团聚，同时也明白了家庭和亲情的珍贵。