《未来水世界》的故事设定在遥远的未来，地球两极冰川融化，陆地被汪洋大海淹没，人类只能在水上求生。主角是一位长着鳃、能在水下自由活动的无名者，他以在水上打捞物品为生。在一次交易中，他遇到了由海伦带领的一群人，他们正被恶名昭著的烟民海盗追杀。海伦等人守护着一张地图，据说上面标记着陆地的位置。无名者起初为了利益与海伦等人合作，一同对抗海盗。在相处过程中，他被众人的信念感染，决定帮助他们寻找陆地。经过一番惊心动魄的海上激战，他们终于摆脱了海盗的追击，并根据地图的指引，找到了传说中的陆地。