《天才除草人2》承接前作，故事围绕着天才少年吉米展开。吉米曾因脑部实验获得超能力，却也引发了一系列危机。此次，他的意识被困在虚拟世界中。一家科技公司企图利用吉米的能力，他们将吉米的意识接入新的虚拟系统。然而，吉米在虚拟世界中逐渐变得强大且失控，他开始利用虚拟力量影响现实世界。主角亚历克斯等人意识到危险，他们必须进入虚拟世界，与吉米展开一场惊心动魄的较量，阻止他对现实世界造成不可挽回的破坏，在虚拟与现实交织的危机中，他们能否成功化解这场灾难成为故事的关键。