《谍影重重4》的故事与前三部有所不同，主角换成了艾伦·克劳斯和玛塔。艾伦·克劳斯是一名接受基因改造的特工，他被卷入了一场巨大阴谋中。美国中情局的“帝门”计划因前三部中伯恩的行动而面临暴露风险，高层决定销毁证据，这使得参与“帝门”计划的特工们成为被清除的对象。艾伦为了生存，必须摆脱追杀。玛塔是为特工提供药物维持改造效果的医生，她在艾伦逃亡过程中给予帮助。两人在阿拉斯加冰天雪地中一边躲避追捕，一边探寻真相，在危机四伏的环境中，他们不断突破困境，最终艾伦成功揭露部分阴谋，为自己赢得生存机会。