《相棒剧场版2》中，杉下右京和龟山薰这对搭档面临着严峻挑战。故事起始于一艘俄罗斯潜艇在东京湾发生爆炸，艇上搭载的核导弹失踪，恐怖组织宣称要在东京引爆核弹。警方高层怀疑是俄罗斯黑手党所为，右京和薰奉命调查。他们在调查过程中遭遇重重困难，不仅要应对狡猾的敌人，还要处理来自内部的压力。随着调查深入，他们发现事件背后隐藏着更大的阴谋，涉及到日本国内的政治势力。右京凭借敏锐的洞察力和严谨的推理能力，逐步揭开真相。最终，他们在千钧一发之际阻止了核弹爆炸，化解了东京的危机，也让幕后黑手受到应有的惩罚。