《黑客帝国3：矩阵革命》承接前作剧情，尼奥虽双目失明，但拥有了穿越矩阵与现实界限的能力。机器大军兵临锡安，人类面临灭顶之灾。崔妮蒂驾驶飞船前往营救尼奥，却不幸遭遇意外牺牲。尼奥为了拯救人类与锡安，与机器大帝展开谈判。在锡安，人类战士们也在议长的带领下顽强抵抗机器章鱼的进攻，战斗异常惨烈。最终尼奥与机器大帝达成协议，只要尼奥消灭危害矩阵和平的史密斯，机器就会停止对锡安的攻击。尼奥与史密斯展开终极对决，成功消灭对方，人类与机器实现短暂和平，锡安得以保全。