《深入敌后2：邪恶轴心》故事发生在巴尔干半岛，美国海军上尉杰克·哈里斯和队友执行侦察任务时，飞机被敌军击落。哈里斯成功跳伞逃生，队友却不幸被俘。为营救队友，哈里斯深入敌后。他遭遇了敌军的重重围堵，不仅要躲避敌人的追捕，还要应对恶劣的自然环境。在逃亡过程中，哈里斯结识了当地的抵抗组织成员，在他们的帮助下，哈里斯逐渐摸清了敌人的部署。最终，哈里斯凭借着自己的智慧和勇气，与抵抗组织一起制定了营救计划，成功救出队友，并摧毁了敌人的重要军事设施，为后续的军事行动创造了有利条件。