《特种部队：眼镜蛇的崛起》故事围绕着特种部队展开。杜克是一名美军中尉，他和战友斯嘉丽等被派去调查神秘组织眼镜蛇的阴谋。眼镜蛇组织由邪恶的德斯托领导，他们妄图利用先进的纳米武器掌控世界。德斯托研发出能溶解金属的纳米虫，企图借此控制全球资源。特种部队与眼镜蛇组织展开了激烈对抗。在战斗中，特种部队成员各展所长，如蛇眼武艺高强且沉默寡言，他与白幽灵曾是同门却因理念不同反目成仇。最终，特种部队成功阻止了眼镜蛇的阴谋，拯救了世界，也让德斯托等阴谋者受到应有的惩罚。