《上帝在吗？我是玛格丽特》围绕着小女孩玛格丽特展开。玛格丽特随家人从纽约搬到新泽西，新环境让她有些不适应。她正处于对世界充满好奇、开始探索自我的年纪，尤其是对身体的变化和宗教信仰等问题有着诸多困惑。她常常向上帝倾诉自己的烦恼，询问各种问题。在学校里，她和朋友们一起讨论成长的秘密，比如初潮等话题。玛格丽特渴望融入集体，又在努力寻找自己的信仰归属，既受母亲犹太教背景的影响，又接触着周围基督教的环境。在这个过程中，她经历了欢笑与泪水，逐渐在成长的道路上迈出坚定的步伐，勇敢地面对生活中的种种挑战和变化。