《机动战士高达水星的魔女第二季》紧接前作，故事围绕着苏莱塔·墨丘利展开。在上一季结尾，苏莱塔失去了心爱的高达，还被逐出学校。第二季中，她来到了地球，在新环境里努力适应并寻找新的生活方向。而米奥莉奈·雷姆布兰则面临着巨大的挑战，她要在复杂的政治斗争中守护贝纳里特集团。 随着剧情推进，各方势力的矛盾愈发尖锐。地球和宇宙之间的紧张局势不断升级，战争一触即发。苏莱塔在地球结识了新伙伴，他们一起为了和平而努力。同时，米奥莉奈也在集团内部进行着艰难的改革。在激烈的战斗中，苏莱塔驾驶着新的机体再次出现在众人面前，她与米奥莉奈之间的羁绊也在战火中得到了进一步的升华。最终，他们能否打破战争的阴霾，实现真正的和平，成为了本季最大的看点。