《云水谣》以一段跨越海峡、历经六十载的爱情故事为主线。年轻的医学院学生陈秋水与王碧云一见钟情，两人在海边度过了一段甜蜜时光。然而，时代的动荡打破了这份宁静，陈秋水为躲避迫害前往台湾。在台湾，他被迫加入军队并被派往金门，与王碧云失去联系。在金门，陈秋水结识了护士王金娣，王金娣被他对王碧云的深情所打动，一直默默陪伴着他。后来，陈秋水投身抗美援朝战争，不幸牺牲。而在大陆的王碧云苦等陈秋水多年，终身未嫁。多年后，王碧云的侄子晓芮了解到这段尘封往事，也被这份爱情所感动。影片通过细腻的情感描绘和宏大的时代背景，展现了爱情的坚贞与无奈。