《灰色：幻影扳机TV版》的故事围绕着美少女们展开。故事舞台设定在美日共同管辖的特殊地区“美滨学园”。主角风见雄二来到这所学园，这里聚集着一群有着灰暗过去的少女。比如性格傲娇的千鹤，她有着不为人知的痛苦经历；还有冷静理智的椎名真由理，她的内心也藏着秘密。 学园看似平静，实则暗流涌动。少女们因各自的缘由被卷入危险的事件中。她们要面对来自外部组织的威胁，在一次次战斗中，少女们逐渐成长，彼此之间的羁绊也越来越深。风见雄二在与少女们的相处中，帮助她们解开内心的枷锁，共同对抗邪恶势力，在充满危机的世界里努力守护着彼此和学园的安宁。