《死亡代理人》的故事设定在未来世界，人类大多居住在被称为“都市”的巨大封闭城市中，由仿生人“AutoReiv”负责日常事务。故事围绕着主角雷格展开，他是一名调查员，在调查仿生人失控事件时，发现了神秘的“死亡代理人”。“死亡代理人”会引发仿生人暴走，导致城市陷入混乱。雷格在追查过程中结识了少女蕾，蕾自称是人类，但却有着特殊的能力。随着调查深入，他们逐渐揭开了都市背后隐藏的巨大秘密，原来都市并非人类的乐园，而是一个被精心设计的牢笼。他们在充满危机的世界中不断逃亡与探索，每一次的发现都让真相更加扑朔迷离，而他们也在这一过程中不断成长，面对人性、生存等诸多问题的考验。