故事发生在科技高度发达的学园都市，这里聚集着拥有各种超能力的学生。御坂美琴是学园都市中仅有的七名超能力者排名第三位的“超电磁炮”，她拥有操控电流的强大能力，性格活泼直爽、正义善良。在学园都市的日常生活里，美琴和好友白井黑子、初春饰利、佐天泪子一起经历了诸多事件。 白井黑子是美琴的学妹，同时也是风纪委员，对美琴有着近乎痴迷的崇拜，时常会做出一些搞笑的举动。在一次调查中，她们发现了学园都市中隐藏的黑暗实验，有人利用能力者进行危险的人体实验。美琴为了阻止这些邪恶的行为，凭借自己的超能力与敌人展开了激烈的战斗。在这个过程中，她不仅要面对强大的对手，还要解开学园都市背后的重重谜团。通过一系列的冒险，美琴逐渐成长，也更加坚定了守护学园都市和朋友们的决心。