《月影特工》围绕少女神城葵展开。神城葵原本是普通女高中生，却因父亲欠下巨额债务，被卖进杀手组织“月影”。在这里，她接受残酷训练，从对杀人一无所知的少女，逐渐成长为冷酷杀手。 在执行任务过程中，葵遭遇各种危险与挑战。她要面对强大的敌人，在生死边缘徘徊。同时，她也结识了一些同样身处“月影”的伙伴，他们之间有着复杂的情感和羁绊。 然而，葵内心始终保留着一丝善良与人性。她开始对“月影”的所作所为产生质疑，试图摆脱这个黑暗组织的控制，寻找属于自己的自由和生活。在这个过程中，她与“月影”展开了激烈的对抗，故事充满了惊险刺激的动作场面和扣人心弦的情节转折。