《女神宿舍的管理员》围绕着男主角藤代卓展开，他因家庭经济原因，来到了女生宿舍担任管理员。这所宿舍里住着性格各异的美少女们，有傲娇的神乐坂明日菜、天然呆的水泽摩耶、温柔的香坂夏美等。藤代卓在履行管理员职责的过程中，与这些女生们发生了一系列啼笑皆非的故事。他既要处理女生们之间的小矛盾，又要应对各种突发状况，比如宿舍里的电器故障、女生们的情感问题等。在与女生们的相处中，藤代卓逐渐融入了这个充满活力的集体，也收获了珍贵的友情，同时也在不经意间引发了一些浪漫的小插曲。