《忍者神龟第一季》围绕着四只基因突变的乌龟展开，它们分别是领袖达芬奇、暴躁冲动的拉斐尔、乐天派米开朗基罗和聪明的多纳泰罗。这四只神龟居住在纽约市的下水道中，由一只同样因基因突变的老鼠斯普林特大师训练成忍者。在城市的表面之下，神龟们一边努力适应人类社会，一边与邪恶势力战斗。大反派史莱德带领着脚帮组织，妄图统治城市，给纽约带来了巨大的威胁。神龟们凭借着高强的武艺和团队协作，一次次挫败史莱德的阴谋。他们还结识了记者艾普尔·奥尼尔和她的摄像师朋友，在与人类的接触中，逐渐了解人类世界。在这一季里，神龟们经历了各种冒险，有紧张刺激的战斗，也有温馨有趣的日常，展现出了他们的成长与友情。