《博多豚骨拉面团》以日本福冈博多为舞台，这里表面是美食之都，实则暗流涌动，杀手组织林立。主人公小林是一名新人杀手，他初入这个危险世界，努力在其中生存。与此同时，还有情报屋矢田部，他知晓众多杀手的信息，周旋于各方势力之间。此外，还有擅长用刀的杀手“穴熊”、双胞胎杀手“椋与琴”等。他们的命运相互交织，在博多这座城市展开了一系列故事。有杀手之间的竞争与合作，也有对自身立场和生存意义的思考。各方势力为了利益、为了任务不断争斗，让博多的夜晚充满了血雨腥风。