《迷失第三季》延续了前作的神秘风格，故事围绕着被困在神秘荒岛上的幸存者们展开。杰克、凯特、索耶等幸存者在岛上的生活愈发艰难，他们不仅要面对岛上各种危险的生物和恶劣的自然环境，还要应对新出现的神秘组织“其他人”。“其他人”抓走了克莱尔和迈克尔等人，以此威胁幸存者们。与此同时，岛上的神秘力量也在不断显现，一些幸存者开始出现幻觉，记忆也变得混乱。洛克发现自己拥有与岛沟通的能力，他坚信岛有自己的意志。在这一季中，幸存者们不断探索岛上的秘密，试图找到离开的方法，他们之间的关系也变得更加复杂，充满了背叛与合作，每一次的冒险都可能带来新的危机和转机。