《疑犯追踪第五季》延续前作，机器被撒玛利亚人摧毁后，芬奇和肖等人努力重建它。里斯在与撒玛利亚人的对抗中牺牲，这给团队带来沉重打击。哈罗德·芬奇和根在废墟中艰难恢复机器，他们面临着撒玛利亚人势力的持续追杀。同时，卡特的旧部以利亚为了复仇也在四处寻找芬奇等人。 团队成员们在危机四伏的纽约继续守护那些被机器给出号码的人。在这个过程中，根为保护机器不幸遇难。最终，芬奇等人成功重启机器，新的机器不再区分相关号码和无关号码，他们决定继续在暗处守护城市，以自己的方式对抗邪恶，维护正义，为纽约的和平而战。