《魔法学园MA》的故事围绕着主人公架场柊展开。架场柊是个拥有强大魔法潜力却不自知的少年，他转入了以培养魔法师为目标的私立魔法学园。学园里有着各种性格迥异的同学，像傲娇的美少女秋穗，她表面上对柊很不客气，内心却逐渐对他产生别样的情感。 在学园中，柊不断遭遇各种魔法事件和挑战。他要学习如何控制自己的魔法能力，同时还要应对来自学园内外的敌人。随着剧情发展，柊发现学园背后隐藏着巨大的秘密，这个秘密与他的身世以及整个魔法世界的命运息息相关。他和伙伴们一起，在一次次冒险中成长，解开一个又一个谜团，共同守护魔法学园和魔法世界的和平。