《新·奥特曼》构建了一个怪兽频繁出现的世界。地球防卫队 S 特殊部队队员神永新二，在一次执行任务中遭遇怪兽，生命垂危之际被神秘光赋予力量，变身成奥特曼与怪兽战斗。这一过程被政府知晓，政府成立了专门的应对组织，其中包括科学特搜队。随着调查深入，他们发现奥特曼的出现并非偶然，背后有着复杂的外星势力博弈。外星种族斯菲亚企图利用地球生物达成自己的目的，不断派出怪兽制造混乱。奥特曼一边要对抗怪兽，一边还要应对人类对他的猜疑和试探。最终，奥特曼与人类携手，共同对抗斯菲亚的阴谋，守护地球的和平。